Jack Ryan: Đặc vụ bóng đêm có kịch bản dựa trên loạt truyện về nhân vật Jack Ryan của nhà văn Tom Clancy. Trước Jack Ryan: Đặc vụ bóng đêm, đã có bốn bộ phim khác về nhân vật này nhưng đã dần bị lãng quên. Chính vì vậy, Jack Ryan: Đặc vụ bóng đêm có thể xem như là một sự khởi đầu hoàn toàn mới với ê-kíp mới cũng như kịch bản được xây dựng bắt đầu từ khi Jack Ryan còn là sinh viên.

Trong Jack Ryan: Đặc vụ bóng đêm, sau khi chứng kiến qua màn hình cảnh toà tháp đôi New York bị tấn công khủng bố, chàng thanh niên Jack Ryan (Chris Pine) đã "xếp bút nghiên" và tình nguyện ra chiến trường. Trong một lần hành quân, Jack bị thương và phải giải ngũ, mọi chuyện tưởng như chấm dứt thì anh được sĩ quan tình báo CIA Thomas Harper (Kevin Costner) tuyển dụng vào một nhóm tinh nhuệ. Anh được gửi trả lại trường học và đi làm chuyên viên phân tích tài chính ở phố Wall với mục đích theo dõi các khoản tiền của bọn khủng bố.

Sau 10 năm làm việc, tình cờ Jack phát hiện ra một âm mưu khủng khiếp nhắm vào thị trường tài chính Mỹ. Anh lên đường sang Nga để kiểm chứng lại giả thuyết của mình. Tuy nhiên, khi đến Nga, Jack Ryan lập tức bị cuốn vào một cuộc chiến đã khiến cho anh không chỉ từ một nhân viên bàn giấy trở thành đặc vụ hành động mà còn ảnh hưởng cả đến người tình xinh đẹp Cathy Muller (Keira Knightley) của mình.